演奏後は、ハーモニカを片手で持ち、吹き口を下にした上で２～３回かるく振ってください。
この際、手でたたいたり強く振るとリードに衝撃が伝わりリードがずれたり、バルブが剥がれたりしてしまう場合があります。
本体の汚れを落としたい場合は、市販の除菌クリーナーの使用をお薦めします。
吹き口の汚れを取り除きたい場合もしかりです。綿棒を使用して良いのですが細かい綿がリードやバルブに引っかかったりする場合があるのでその点を注意してください。
ハーモニカの保管には、湿気の多い場所や温度の高い所は避けてください。
特に本体が木製の場合、湿気により膨張する事があります。
なお、ハーモニカを吹く前に、よくうがいをしてから演奏することも、楽器を長持ちさせる上では重要です。