複音ハーモニカのメリットは、軽い息で音を出せるので、音を軽く出すことができます。
また、移調・転調が簡単にできるので、それぞれの曲の調子に合わせたハーモニカであれば、ハーモニカの調子を替えるだけで様々な調子で吹くことができます。

デメリットとしては、曲の調子によってハーモニカを揃えなければならないことが挙げられます。
曲によってハーモニカを替えるだけで演奏ができる反面、曲に合わせて最低5，6本ほど揃える必要があります。